東京工業大学と東京医科歯科大学は2023年1月19日、統合後の新大学名称を「東京科学大学」として今月に大学設置・学校法人審議会へ提出することを決定したと発表した。
両大学は、2022年10月14日に締結した基本合意書に基づき、2024年度中を目途として、できる限り早期の統合を目指している。
2022年11月25日から12月8日には、両大学のWebページ上から新大学名称の提案受付を実施。6000件を超える提案を参考にしつつ、「両大学のこれまでの伝統と先進性を活かしながら、統合によってこれまでどの大学も為しえなかった新しい大学のあり方を創出する」という目的や、新大学の目指す組織文化に沿ったものを検討し、新大学名称を「東京科学大学（英語表記：Institute of Science Tokyo）」、略称を「科学大（英語表記：調整中）」に決定した。
新大学がこれからの「科学」の発展を担い、社会と共に活力ある未来を切り拓いていくという、強い意志を名称に表現したい、また、共に「科学」を追究し、新たな価値創造を希求する人のみならず広く「科学」に興味を持つ人をも含めて、多様な人たちをこれまで以上に惹きつける大学でありたいと考え、科学を文化として認識してもらう努力を積み重ね、社会からの理解と期待を得ていくためにも、親しみやすく覚えやすい「科学」を選択。名称の先頭はこれまでと変わらず「東京」とし、日本の首都であり国際都市の「東京」に本拠を置く大学であることを示している。
なお、名称は、今後の大学設置・学校法人審議会における手続きや、国立大学法人法の改正（国会審議）を経るまでは仮称であり、商標登録などの手続きを踏まえて変更の可能性もあるという。
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